男女生殖道肛門尖銳濕疣的診斷通常不需要病理活檢，但在醋酸白試驗和臨床鑑別比較困難時，則可根據組織病理檢查診斷。尖銳濕疣的組織病理學變化主要在表皮，表現有角化不全，棘層肥厚，表皮突延長，增寬或分支，形成乳頭瘤樣或假上皮瘤樣增生。真皮也有相應的改變，真皮血管擴張，管周有不同程度的慢性炎性細胞浸潤。特徵性的變化是顆粒層和棘層中上部出現空泡化細胞。典型的空泡化細胞體積較大，有一大而圓或皺縮的深嗜鹼性胞核，可有輕度不規則的改變，核周可見淡染的空泡化區。不同的患者，在不同的部位，其空泡化細胞有所不同，因而又把空泡細胞進行分型。
尖銳濕疣病理診斷可以分為：
①肯定診斷：臨床表現典型，病理組織學變化也典型。臨床表現較典型，有病毒分離，免疫細胞化學或電鏡結果支持診斷。臨床表現雖然不典型，但特殊檢查結果能明確診斷。
②基本肯定診斷：臨床未診斷尖銳濕疣或診斷其它疾病。病理組織學較典型或具備了尖銳濕疣的基本病理組織學變化，提示臨床與病理結合基本肯定診斷。
③符合臨床診斷：臨床表現較典型。病理組織學只有棘層肥厚及空泡化細胞二項基本病變。未見尖銳濕疣以外典型的黏膜或其它疾病，即可做組織病理學變化符合臨床診斷的報告。
④不肯定診斷：臨床診斷尖銳濕疣，但病理組織學未見尖銳濕疣及其它疾病的病變。即可報告未見特異性組織學變化，不能肯定診斷，建議再取材，有條件者可做免疫細胞化學及電鏡等特殊檢查，進一步確診。
⑤否定診斷：臨床可疑，病理組織學上未見有尖銳濕疣的基本病變而檢查中有其它較典型的皮膚黏膜疾病。如肥厚性扁平苔蘚及銀屑病等，可否定尖銳濕疣的診斷。
尖銳濕疣病理診斷可以分為：
①肯定診斷：臨床表現典型，病理組織學變化也典型。臨床表現較典型，有病毒分離，免疫細胞化學或電鏡結果支持診斷。臨床表現雖然不典型，但特殊檢查結果能明確診斷。
②基本肯定診斷：臨床未診斷尖銳濕疣或診斷其它疾病。病理組織學較典型或具備了尖銳濕疣的基本病理組織學變化，提示臨床與病理結合基本肯定診斷。
③符合臨床診斷：臨床表現較典型。病理組織學只有棘層肥厚及空泡化細胞二項基本病變。未見尖銳濕疣以外典型的黏膜或其它疾病，即可做組織病理學變化符合臨床診斷的報告。
④不肯定診斷：臨床診斷尖銳濕疣，但病理組織學未見尖銳濕疣及其它疾病的病變。即可報告未見特異性組織學變化，不能肯定診斷，建議再取材，有條件者可做免疫細胞化學及電鏡等特殊檢查，進一步確診。
⑤否定診斷：臨床可疑，病理組織學上未見有尖銳濕疣的基本病變而檢查中有其它較典型的皮膚黏膜疾病。如肥厚性扁平苔蘚及銀屑病等，可否定尖銳濕疣的診斷。
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