1、選擇抗病品種適時播種。選擇抗病品種如甘藍型油菜華油8號、鐵桿青等，並於9月底和10月初播種，發病較輕。
2、實行輪作。由於休眠孢子囊的抗逆性很強，因此發病嚴重的油菜田，要實行4-5年的輪作，在規定輪作的年限內不種油菜和十字花科蔬菜，可改種麥類和綠肥。
3、育苗移栽。選擇無病地塊培育壯苗，五葉期以後移栽是防治根腫病較理想的措施。
4、栽培管理。注意開溝排水，避免田水浸灌。應選擇晴天定植，生產實踐證明：定植後有1-2周的晴天，就能大大減輕發病；如定植時下雨或植後不久下雨，淋施2%石灰水，可減輕發病，注意收集病株，及時加石灰覆蓋深埋，促使菜根腐爛和病菌死亡。如用帶菌菜根製作堆肥時，必須充分腐熟後方可施入大田。注意氮、磷、鉀配合使用，勿偏施，過施氮肥。
5、化學防治。藥劑防治的關鍵時期是油菜三葉期，用敵克松500倍液、TH88300倍液、菌毒清200倍液、復方多菌靈600倍液，隔10天灌根1次，連續防治2-4次，防效可達60%以上。播種期每畝用石灰50-75千克或碳酸鈉25-35千克穴施，防病效果可達60%左右。用草木灰穴施也有一定防效。
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