只有能提供合適的環境，才能使過濾系統發揮理想的效果。水中的細菌要求一定的生存條件，主要是氧濃度、溫度、酸鹼度和營養。
氧濃度：好氧菌類在缺氧的環境下會快速死亡，死亡後就成為有機廢物；厭氧菌類在缺氧的環境中才能較好地生長繁殖。所以，過濾系統中最好能設置有氧區和無氧區，先在水中含氧量大的區域（通常是前面部分）放好讓好氧菌類（消化細菌和硝化細菌）生長繁殖的濾材，經過好氧菌區域後，水中的含氧量會劇烈減少，在進入相對的「無氧區」內時水中的無機廢物就可以被厭氧菌類利用了。水經過完整的過濾後需要用氣泵增氧後再返回主缸體。
溫度：所有細菌都需要一定的溫度條件下才能正常生長繁殖。硝化細菌合適水溫在20~28度，超過這個範圍時他們代謝作用變得比較緩慢；溫度低於5度或高於42度就停止代謝作用。水中的其他細菌同樣要在一定的水溫下才能正常生長繁殖，一般要求水溫控制在20~30度代謝才能比較旺盛。所以，在冬季水溫較低的時候，各種細菌群的代謝減慢了，有機廢物的腐化分解過程就會比較慢，水質的惡化也就慢了，但整個過濾系統的菌群依然能處於平衡狀態。然而，隨著水溫上升，細菌代謝慢慢恢復正常，有機廢物的腐化分解速度會增加，水質的惡化速度就增加，消化細菌的生長繁殖周期要比硝化細菌快上百倍，春季水溫剛回暖時消化細菌開始大量生長繁殖的時候，硝化細菌還沒有能及時增加，水中的銨未能及時被分解而導致銨濃度的增加；所以在初春的時候是各種至病菌和銨濃度較高的，是各種水生動物疾病的高發時期。
酸鹼度：硝化細菌一般要求在PH6.5~8.5的水體中才能正常生長繁殖。
營養：消化細菌的生長繁殖需要以有機廢物作營養來源；硝化細菌的生長繁殖離不開銨。
另外，硝化細菌需要潔凈的固定物表面作生長繁殖的場所；光線對硝化細菌有強烈殺傷作用；水中加入抗菌類藥物後，會使水中的菌類失衡破壞原有的各種細菌群。
氧濃度：好氧菌類在缺氧的環境下會快速死亡，死亡後就成為有機廢物；厭氧菌類在缺氧的環境中才能較好地生長繁殖。所以，過濾系統中最好能設置有氧區和無氧區，先在水中含氧量大的區域（通常是前面部分）放好讓好氧菌類（消化細菌和硝化細菌）生長繁殖的濾材，經過好氧菌區域後，水中的含氧量會劇烈減少，在進入相對的「無氧區」內時水中的無機廢物就可以被厭氧菌類利用了。水經過完整的過濾後需要用氣泵增氧後再返回主缸體。
溫度：所有細菌都需要一定的溫度條件下才能正常生長繁殖。硝化細菌合適水溫在20~28度，超過這個範圍時他們代謝作用變得比較緩慢；溫度低於5度或高於42度就停止代謝作用。水中的其他細菌同樣要在一定的水溫下才能正常生長繁殖，一般要求水溫控制在20~30度代謝才能比較旺盛。所以，在冬季水溫較低的時候，各種細菌群的代謝減慢了，有機廢物的腐化分解過程就會比較慢，水質的惡化也就慢了，但整個過濾系統的菌群依然能處於平衡狀態。然而，隨著水溫上升，細菌代謝慢慢恢復正常，有機廢物的腐化分解速度會增加，水質的惡化速度就增加，消化細菌的生長繁殖周期要比硝化細菌快上百倍，春季水溫剛回暖時消化細菌開始大量生長繁殖的時候，硝化細菌還沒有能及時增加，水中的銨未能及時被分解而導致銨濃度的增加；所以在初春的時候是各種至病菌和銨濃度較高的，是各種水生動物疾病的高發時期。
酸鹼度：硝化細菌一般要求在PH6.5~8.5的水體中才能正常生長繁殖。
營養：消化細菌的生長繁殖需要以有機廢物作營養來源；硝化細菌的生長繁殖離不開銨。
另外，硝化細菌需要潔凈的固定物表面作生長繁殖的場所；光線對硝化細菌有強烈殺傷作用；水中加入抗菌類藥物後，會使水中的菌類失衡破壞原有的各種細菌群。
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