存在兩種觀點：一種觀點認為不能抵，一種觀點認為可以抵。
一、認為不能抵的依據是：
1.《國家稅務總局關於發布<房地產開發企業銷售自行開發的房地產項目增值稅徵收管理暫行辦法>的公告》（國家稅務總局公告2016年第18號）第十四條、第十五條、第二十二條規定，納稅人銷售自行開發的房地產項目，無論適用哪種計稅方法，均應按照《營業稅改徵增值稅試點實施辦法》第四十五條規定的納稅義務發生時間，以對應的方式計算當期應納稅額，抵減已預繳稅款後，向主管國稅機關申報納稅。未抵減完的預繳稅款可以結轉下期繼續抵減。18號公告明確告知了房地產項目預繳稅款可以參與抵減的時間——項目納稅義務發生之後。在納稅義務發生之前，該項目對應的預繳稅款是處於待抵減狀態的，只有當項目的納稅義務發生了，項目對應的預繳稅款才能夠抵減。
2.《全面推開營改增業務操作指引》（國家稅務總局全面推開營改增督促落實領導小組辦公室編）一書對於「房地產開發企業銷售自行開發的房地產項目」的增值稅政策的解讀：「房地產開發企業採取預收款方式銷售所開發的房地產項目，在收到預收款時按照3%的預征率預繳增值稅，待納稅義務發生時，再計算應納稅款，並可扣除已預繳的增值稅稅款」（該書第227頁）。
3.河南省國稅局就指出,房地產開發企業收到預收款時應根據《國家稅務總局關於發布<房地產開發企業銷售自行開發的房地產項目增值稅徵收管理暫行辦法>的公告》規定,按照3%的預征率計算預繳增值稅。待納稅義務發生時,應按取得的全部價款和價外費用,依據其適用的計稅方法計算申報應納增值稅,已預繳的增值稅可以按規定抵減。
4.雖然增值稅是以整個納稅人為納稅主體進行稅款抵扣、應納稅額計算的，但房地產開發企業的預繳增值稅屬於不具備增值稅納稅義務發生時間的預繳稅款，其抵減也是有其特殊性的。目前在國稅總局層面沒有明確的說法，但可以會計處理的規定中找到，《增值稅會計處理規定》（財會〔2016〕22號）中關於預繳增值稅的賬務處理規定，月末，企業應將「預交增值稅」明細科目餘額轉入「未交增值稅」明細科目，借記「應交稅費——未交增值稅」科目，貸記「應交稅費——預交增值稅」科目。這是針對一般企業的處理。但對於房地產開發企業等在預繳增值稅後，應直至納稅義務發生時方可從「應交稅費——預交增值稅」科目結轉至「應交稅費——未交增值稅」科目。也就是說,22號文並不允許房地產開發企業預繳的增值稅馬上在當月應納稅額中予以抵減,而必須等到納稅義務實際發生才可以抵減預繳增值稅。
5.房地產開發企業保留預售時預繳增值稅這一特殊政策的意義，是為了保證房地產開發企業在項目開發期的稅款均衡入庫，避免了時間上的錯位。如果說預繳增值稅可以從房地產企業當期應交增值稅中抵減，那麼預繳增值稅就失去了應有意義。大家可以想像下，只有在當期預繳稅款大於當期應繳稅時，才真實預繳的部分稅款，預繳政策才有一點實際作用。如果當期預繳稅款小於當期應繳稅時，預繳的稅款實際是應繳稅款的一部分，預繳政策還有作用嗎？
總結：未達到納稅義務發生時間的A項目的預繳稅款不可以抵減B項目產生的應納稅額，等到A項目達到納稅義務發生進行納稅申報時，才可以抵減A項目的預繳稅款。當然，這時如果B項目的預繳稅款有未抵減完的稅款是可以用來抵減A項目的，當然，也可以抵減其他業務產生的應納稅額。也就是說，未達到納稅義務發生時間的預繳稅款不能抵減已達到納稅義務的應納稅款，達到納稅義務後，所有預繳稅款都可以相互抵減，沒有限制。
二、認為能抵的依據是：
1.增值稅是以整個納稅人為納稅主體進行稅款抵扣、應納稅額計算的，既然是減除預繳稅額就應當允許全部減除，如果按項目減除，那麼同一企業的進項稅額是不是也應按不同項目抵扣？
2.國家稅務總局公告2016年第18號中規定的，納稅義務發生後，計算當期應納稅額，抵減已預繳稅款後，向主管國稅機關申報納稅。並沒有明確是抵減該項目的預繳稅款，那麼抵減全公司的預繳稅款也是沒在問題的。
3.河北省國家稅務局就認為,提供建築服務和房地產開發的預繳稅款可以抵減應納稅款。應納稅款包括簡易計稅方法和一般計稅方法形成的應納稅款。
例如:某房地產開發企業有A、B、C三個項目,其中A項目適用簡易計稅方法,B、C項目適用一般計稅方法。2017年7月,三個項目分別收到不含稅銷售價款1億元,分別預繳增值稅300萬元,共預繳增值稅900萬元。2017年8月,B項目達到了納稅義務發生時間,當月計算出應納稅額為1000萬元,此時抵減全部預繳增值稅後,應當補繳增值稅100萬元。房地產開發企業應當在《增值稅申報表》主表第19行"應納稅額"欄次,填報1000萬元,第24行"應納稅額合計"填報1000萬元,第28行"分次預繳稅額"填報900萬元,第34行"本期應補稅額"填報100萬元。
按照河北省國稅局的這個解答,A項目和C項目雖然沒有達到納稅義務發生時間,但是其預繳的增值稅也可以用於抵減B項目已經達到納稅義務發生時間情況下計算出來的應交增值稅款。換句話說,河北省國稅局認為在增值稅政策中並不要求A項目和C項目在達到納稅義務發生時間後才可以抵減其預繳的稅款。
4.湖北省的規定是可以抵減當期或以後期的應繳的增值稅。湖北省營改增問題集（發布日期：2017-12-29）42.房地產開發企業預收款的範圍以及對預收款按3%預繳增值稅是否能用來抵繳當期增值稅應納稅額？
房地產開發企業的預收款，為不動產交付業主之前所收到的款項，但不含簽訂房地產銷售合同之前所收取的誠意金、認籌金和訂金等。
房地產開發企業收到的預收款按3%預繳增值稅後，如納稅申報的所屬期為預收款的當期或者以後期的，其預繳稅款可用來抵繳納稅申報應繳納增值稅。
總結：抵減預繳稅款不受納稅義務發生時間的限制，當期預繳的稅款可以抵減當期及以後各期的應納增值稅稅款。
當然，站在納稅人的角度，當期預繳的增值稅不可以從當期應交增值稅中抵減，是加重了納稅人的稅負，所以從減負降稅的角度上，還是希望國稅總局能明確房地產開發企業預繳增值稅能夠抵減當期及以後期應納增值稅。
一、認為不能抵的依據是：
1.《國家稅務總局關於發布<房地產開發企業銷售自行開發的房地產項目增值稅徵收管理暫行辦法>的公告》（國家稅務總局公告2016年第18號）第十四條、第十五條、第二十二條規定，納稅人銷售自行開發的房地產項目，無論適用哪種計稅方法，均應按照《營業稅改徵增值稅試點實施辦法》第四十五條規定的納稅義務發生時間，以對應的方式計算當期應納稅額，抵減已預繳稅款後，向主管國稅機關申報納稅。未抵減完的預繳稅款可以結轉下期繼續抵減。18號公告明確告知了房地產項目預繳稅款可以參與抵減的時間——項目納稅義務發生之後。在納稅義務發生之前，該項目對應的預繳稅款是處於待抵減狀態的，只有當項目的納稅義務發生了，項目對應的預繳稅款才能夠抵減。
2.《全面推開營改增業務操作指引》（國家稅務總局全面推開營改增督促落實領導小組辦公室編）一書對於「房地產開發企業銷售自行開發的房地產項目」的增值稅政策的解讀：「房地產開發企業採取預收款方式銷售所開發的房地產項目，在收到預收款時按照3%的預征率預繳增值稅，待納稅義務發生時，再計算應納稅款，並可扣除已預繳的增值稅稅款」（該書第227頁）。
3.河南省國稅局就指出,房地產開發企業收到預收款時應根據《國家稅務總局關於發布<房地產開發企業銷售自行開發的房地產項目增值稅徵收管理暫行辦法>的公告》規定,按照3%的預征率計算預繳增值稅。待納稅義務發生時,應按取得的全部價款和價外費用,依據其適用的計稅方法計算申報應納增值稅,已預繳的增值稅可以按規定抵減。
4.雖然增值稅是以整個納稅人為納稅主體進行稅款抵扣、應納稅額計算的，但房地產開發企業的預繳增值稅屬於不具備增值稅納稅義務發生時間的預繳稅款，其抵減也是有其特殊性的。目前在國稅總局層面沒有明確的說法，但可以會計處理的規定中找到，《增值稅會計處理規定》（財會〔2016〕22號）中關於預繳增值稅的賬務處理規定，月末，企業應將「預交增值稅」明細科目餘額轉入「未交增值稅」明細科目，借記「應交稅費——未交增值稅」科目，貸記「應交稅費——預交增值稅」科目。這是針對一般企業的處理。但對於房地產開發企業等在預繳增值稅後，應直至納稅義務發生時方可從「應交稅費——預交增值稅」科目結轉至「應交稅費——未交增值稅」科目。也就是說,22號文並不允許房地產開發企業預繳的增值稅馬上在當月應納稅額中予以抵減,而必須等到納稅義務實際發生才可以抵減預繳增值稅。
5.房地產開發企業保留預售時預繳增值稅這一特殊政策的意義，是為了保證房地產開發企業在項目開發期的稅款均衡入庫，避免了時間上的錯位。如果說預繳增值稅可以從房地產企業當期應交增值稅中抵減，那麼預繳增值稅就失去了應有意義。大家可以想像下，只有在當期預繳稅款大於當期應繳稅時，才真實預繳的部分稅款，預繳政策才有一點實際作用。如果當期預繳稅款小於當期應繳稅時，預繳的稅款實際是應繳稅款的一部分，預繳政策還有作用嗎？
總結：未達到納稅義務發生時間的A項目的預繳稅款不可以抵減B項目產生的應納稅額，等到A項目達到納稅義務發生進行納稅申報時，才可以抵減A項目的預繳稅款。當然，這時如果B項目的預繳稅款有未抵減完的稅款是可以用來抵減A項目的，當然，也可以抵減其他業務產生的應納稅額。也就是說，未達到納稅義務發生時間的預繳稅款不能抵減已達到納稅義務的應納稅款，達到納稅義務後，所有預繳稅款都可以相互抵減，沒有限制。
二、認為能抵的依據是：
1.增值稅是以整個納稅人為納稅主體進行稅款抵扣、應納稅額計算的，既然是減除預繳稅額就應當允許全部減除，如果按項目減除，那麼同一企業的進項稅額是不是也應按不同項目抵扣？
2.國家稅務總局公告2016年第18號中規定的，納稅義務發生後，計算當期應納稅額，抵減已預繳稅款後，向主管國稅機關申報納稅。並沒有明確是抵減該項目的預繳稅款，那麼抵減全公司的預繳稅款也是沒在問題的。
3.河北省國家稅務局就認為,提供建築服務和房地產開發的預繳稅款可以抵減應納稅款。應納稅款包括簡易計稅方法和一般計稅方法形成的應納稅款。
例如:某房地產開發企業有A、B、C三個項目,其中A項目適用簡易計稅方法,B、C項目適用一般計稅方法。2017年7月,三個項目分別收到不含稅銷售價款1億元,分別預繳增值稅300萬元,共預繳增值稅900萬元。2017年8月,B項目達到了納稅義務發生時間,當月計算出應納稅額為1000萬元,此時抵減全部預繳增值稅後,應當補繳增值稅100萬元。房地產開發企業應當在《增值稅申報表》主表第19行"應納稅額"欄次,填報1000萬元,第24行"應納稅額合計"填報1000萬元,第28行"分次預繳稅額"填報900萬元,第34行"本期應補稅額"填報100萬元。
按照河北省國稅局的這個解答,A項目和C項目雖然沒有達到納稅義務發生時間,但是其預繳的增值稅也可以用於抵減B項目已經達到納稅義務發生時間情況下計算出來的應交增值稅款。換句話說,河北省國稅局認為在增值稅政策中並不要求A項目和C項目在達到納稅義務發生時間後才可以抵減其預繳的稅款。
4.湖北省的規定是可以抵減當期或以後期的應繳的增值稅。湖北省營改增問題集（發布日期：2017-12-29）42.房地產開發企業預收款的範圍以及對預收款按3%預繳增值稅是否能用來抵繳當期增值稅應納稅額？
房地產開發企業的預收款，為不動產交付業主之前所收到的款項，但不含簽訂房地產銷售合同之前所收取的誠意金、認籌金和訂金等。
房地產開發企業收到的預收款按3%預繳增值稅後，如納稅申報的所屬期為預收款的當期或者以後期的，其預繳稅款可用來抵繳納稅申報應繳納增值稅。
總結：抵減預繳稅款不受納稅義務發生時間的限制，當期預繳的稅款可以抵減當期及以後各期的應納增值稅稅款。
當然，站在納稅人的角度，當期預繳的增值稅不可以從當期應交增值稅中抵減，是加重了納稅人的稅負，所以從減負降稅的角度上，還是希望國稅總局能明確房地產開發企業預繳增值稅能夠抵減當期及以後期應納增值稅。
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