企業導入阿米巴經營模式，主要面臨兩方面的問題：一是企業無法招聘到高素質的人才，二是企業的人員一旦成長為高素質人才，就面臨著其他企業挖牆腳的局面。因此企業如何留住核心人員、做好人員的激勵工作成為阿米巴單元對人員進行管理的核心問題。
員工獎金設計的問題反映了公司目標實現的程度，也更多地體現了企業員工的業績表現，並且合理的獎金制度是對阿米巴成員發展的強大動力，會為企業帶來更好的績效，增強企業競爭力。
經過多年的企業實踐和研究，我們認為阿米巴激勵要注重將員工的工資與獎金掛鈎，並且阿米巴獎金設計方案要注重三個導向：
一、能力導向
以能力導向為主進行獎金設計。對阿米巴成員說，比起固定工資的發放，更加關注企業提成制度的設計，儘可能的要求企業的獎金分配方面儘可能的公平，所以此時實行以能力為導向的獎金設計方案，可能會提高此類需求員工的滿意度。以能力為導向的獎金設計，要求不同能力的員工得到不同的獎金。
因此為了更好地實行以能力為導向的獎金設計，可以通過設定獎金係數來反映員工的能力，根據獎金係數的不同而給予不同的獎金，使得能者多勞，即員工的獎金係數越高，獲得的獎金也就越高。如此可以使企業銷售人員獲得更好的個人績效，激發其工作積極性，提高公司整體的經營業績。
二、團隊導向
以團隊導向為主進行獎金設計。以銷售阿米巴為例，大多數銷售項目需要企業營銷人員以阿米巴團隊的形式進行。此時實行以團隊導向為主的獎金設計，將企業的獎金直接發放到銷售阿米巴團隊，而不是員工個人，會在更大的程度上激發銷售阿米巴成員的工作積極性，促進銷售阿米巴成員間的交流、溝通與協作，也將會在更大的程度上提高整個團隊的銷售業績。以團隊導向為主的獎金設計，對取得高業績表現的銷售阿米巴給予更高的獎金總額。
三、業績導向
以業績導向為主的獎金設計。進行以業績導向為主的獎金設計，首先需要將企業的銷售目標進行分級，通常銷售目標可分為初級銷售目標、中級銷售目標、高級銷售目標等類別，其中不同的銷售目標對應不同的獎金激勵制度。將員工業績納入考核體系，作為獎金髮放的依據，有利於企業由原來的粗放式簡單管理，步入系統化、科學化和精細化的軌道。
儘管如此，在進行以業績導向為主的獎金設計時，阿米巴巴長需要重點注意與銷售人員的績效溝通、績效反饋和績效輔導，這樣企業如果因為制定的業績目標過高導致員工無法完成目標，則能夠及時進行監控，更早地發現問題，進行問題的溝通反饋，適當地調整或降低銷售目標，從而切實地幫助企業的銷售人員實現自身的銷售目標。
企業導入阿米巴經營模式，如何進行阿米巴成員的薪酬設計，尤其是獎金制度的設計，達到最佳的激勵模式，是企業實現利益最大化的重點。良好的獎金設計制度，不僅可以節約企業的人力資源管理成本，更可以激勵阿米巴單元創造更高的工作業績。因此，通過上述獎金設計的三個導向即能力導向、團隊導向、業績導向的相互結合，可以有效地實現阿米巴成員獎金分配的合理設計，從而更加積極地體現正向的激勵作用，以提高阿米巴的運作效率，實現阿米巴業績的有效增長。
員工獎金設計的問題反映了公司目標實現的程度，也更多地體現了企業員工的業績表現，並且合理的獎金制度是對阿米巴成員發展的強大動力，會為企業帶來更好的績效，增強企業競爭力。
經過多年的企業實踐和研究，我們認為阿米巴激勵要注重將員工的工資與獎金掛鈎，並且阿米巴獎金設計方案要注重三個導向：
一、能力導向
以能力導向為主進行獎金設計。對阿米巴成員說，比起固定工資的發放，更加關注企業提成制度的設計，儘可能的要求企業的獎金分配方面儘可能的公平，所以此時實行以能力為導向的獎金設計方案，可能會提高此類需求員工的滿意度。以能力為導向的獎金設計，要求不同能力的員工得到不同的獎金。
因此為了更好地實行以能力為導向的獎金設計，可以通過設定獎金係數來反映員工的能力，根據獎金係數的不同而給予不同的獎金，使得能者多勞，即員工的獎金係數越高，獲得的獎金也就越高。如此可以使企業銷售人員獲得更好的個人績效，激發其工作積極性，提高公司整體的經營業績。
二、團隊導向
以團隊導向為主進行獎金設計。以銷售阿米巴為例，大多數銷售項目需要企業營銷人員以阿米巴團隊的形式進行。此時實行以團隊導向為主的獎金設計，將企業的獎金直接發放到銷售阿米巴團隊，而不是員工個人，會在更大的程度上激發銷售阿米巴成員的工作積極性，促進銷售阿米巴成員間的交流、溝通與協作，也將會在更大的程度上提高整個團隊的銷售業績。以團隊導向為主的獎金設計，對取得高業績表現的銷售阿米巴給予更高的獎金總額。
三、業績導向
以業績導向為主的獎金設計。進行以業績導向為主的獎金設計，首先需要將企業的銷售目標進行分級，通常銷售目標可分為初級銷售目標、中級銷售目標、高級銷售目標等類別，其中不同的銷售目標對應不同的獎金激勵制度。將員工業績納入考核體系，作為獎金髮放的依據，有利於企業由原來的粗放式簡單管理，步入系統化、科學化和精細化的軌道。
儘管如此，在進行以業績導向為主的獎金設計時，阿米巴巴長需要重點注意與銷售人員的績效溝通、績效反饋和績效輔導，這樣企業如果因為制定的業績目標過高導致員工無法完成目標，則能夠及時進行監控，更早地發現問題，進行問題的溝通反饋，適當地調整或降低銷售目標，從而切實地幫助企業的銷售人員實現自身的銷售目標。
企業導入阿米巴經營模式，如何進行阿米巴成員的薪酬設計，尤其是獎金制度的設計，達到最佳的激勵模式，是企業實現利益最大化的重點。良好的獎金設計制度，不僅可以節約企業的人力資源管理成本，更可以激勵阿米巴單元創造更高的工作業績。因此，通過上述獎金設計的三個導向即能力導向、團隊導向、業績導向的相互結合，可以有效地實現阿米巴成員獎金分配的合理設計，從而更加積極地體現正向的激勵作用，以提高阿米巴的運作效率，實現阿米巴業績的有效增長。
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