1、莖盤一二年生的莖短縮呈盤裝，稱莖盤。長在地下，1~2年生時呈扁圓盤狀，其頂端著生葉鞘，周圍著生根系，頂端部位是韭菜新根、新葉的分生組織。隨著韭菜年齡的增長和逐年分櫱，營養莖形成杈狀分枝，稱為「根狀莖」。「根狀莖」的莖盤基部著生鬚根，上部形成小球狀的鱗莖。鱗莖外面有乾枯的葉鞘形成纖維狀的鱗片。鱗莖的組織堅硬，可貯藏養分。隨著株齡的增加和逐年分櫱，營養莖不斷向上延伸，並呈杈狀分枝，成為根狀莖。
2、根莖韭菜根狀莖的生活年限為2~3年，平均每年以1.4~1.57厘米的速度向地表延伸，多年生韭菜老齡根狀莖逐漸衰老而解體。根狀莖不但是分生組織，而且也是韭菜植株貯藏養分的重要器官。其大小，肥壯程度是取得韭青、韭黃、韭薹、韭種高產的決定性因素。尤其對冬春保護地栽培的韭菜，其對寒冷的抗性，長勢的強弱，質量的高低，具有更重要的作用，故韭菜水肥管理和病蟲防治應圍繞著如何增大和肥壯鱗莖狠下功夫。
3、花莖花莖又叫韭薹，是植株頂芽通過感受低溫和長日照條件發育而成。花莖高約30？40厘米，頂端生有總苞，苞內有花器官。鮮嫩時的花莖是韭菜重要的產品，其風味鮮美，可作為一種高檔蔬菜出售。目前專門有一類薹韭品種，其抽薹時間持續很長，抽薹數量和產量都比較多，可形成較高產值。注意：韭菜抽蔓、開花、結實消耗養分多，影響植株生長和養分積累，如果不是吃韭苔和收種子應及早摘除。
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